一、提取的原料及工藝不同水蘇糖是從天然存在的蔬菜植物中提取的，這種蔬菜中國人已經食用了數千年，沒有任何不良反應的報道，提取水蘇糖的溶劑為水，不添加任何其他有機溶劑，產品中也不會有有機溶劑殘留，這樣食用十分安全，出口也不會有任何限制。大豆低聚糖是提取大豆蛋白的副產品。從大豆中提取大豆蛋白后，產生大量的大豆乳清，若直接排放，會對環境造成很大的污染。所以，一般將此有機廢水利用，從中提取大豆低聚糖。由于大豆乳清成分較復雜，所以提取的工藝較繁瑣，質量也較難控制。
二、大豆低聚糖的功效成分也是水蘇糖，但其有效成分含量很低，雜質含量高，提純很困難大豆低聚糖的主要功效成分就是水蘇糖、棉子糖，但因為常常含有其他多種普通糖類，如：蔗糖、葡萄糖等，這樣就限制了它不能給糖尿病人和高血糖人群食用，所以它的使用面遠比不上高純度水蘇糖。大豆低聚糖的一般組成為:
雖然大豆低聚糖的主要成分也是水蘇糖，但要將水蘇糖從中提純出來相當困難，成本也會大幅增加。
三 、水蘇糖的保健用量少公司生產的水蘇糖保健用量是0.5-3克/天，而大豆低聚糖的保健用量是8-10克/天。所以大豆低聚糖的功效遠比不上水蘇糖。
四、水蘇糖結構清楚，功效因子明確水蘇糖可以作為醫用原料添加進藥品中，作為輔助治療劑使用。大豆低聚糖不能作為醫用原料使用。五、水蘇糖節能環保提取水蘇糖的溶劑是水，提取完的殘渣為植物纖維、蛋白質和果膠，不需處理即可以作為動物飼料使用，可以做到對原料的完全利用。提取完大豆低聚糖的大豆乳清必須經過處理后，也只能向環境排放。
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名稱
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水分
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水蘇糖
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棉子糖
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蔗糖
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其它
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糖漿
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24
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18
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8
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34
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16
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顆粒
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3
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23
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7
|
44
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23
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混合粉末
|
3
|
11
|
4
|
22
|
60
|
精制品
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24
|
32
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17
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5
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22
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名稱
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水分
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水蘇糖
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棉子糖
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蔗糖
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其它
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糖漿
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24
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18
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34
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顆粒
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3
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23
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混合粉末
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精制品
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5
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